Shiho Miyano, nhà sáng chế của APTX 4869, đang làm một thí nghiệm với chuột bạch và thấy một con chuột bị teo nhỏ.

Khoảng 1 năm trước, Shinichi và Ran đến thủy cung Beika và ở đó Shinichi giải quyết 1 vụ án mạng. Vì muốn tìm ra manh mối vụ án, cậu đã để mất điện thoại của Ran. Cậu hứa sẽ mua đền cho Ran và nếu Ran vô địch giải Karate thành phố, cậu sẽ dẫn cô đi khu vui chơi Tropical Land. Hôm sau, Shinichi rủ Ran đi mua điện thoại và nghe báo chí nói về một vụ nổ xe không tìm được dấu vết. Tình cờ có 1 vụ trộm và họ gặp Sonoko ở đó. Sonoko mời 2 người họ đến biệt thự Suzuki. Nhà Suzuki tặng Ran một bộ đồ tập võ. Một vị khách cũng ở đây, bị gãy chân, và Ran cứu ông ta khi xe lăn bị hỏng. Đến ngày diễn ra cuộc thi Karate, Shinichi gặp một vụ án và cậu phải bỏ dở khiến Ran tức giận. Hung thủ của vụ án đó là người đã ở dinh thự Suzuki hôm trước. Shinichi biết ông ta khỏi chân khi thấy lúc ở dinh thự Suzuki, lúc chiếc xe lăn mất kiểm soát, ông ta đã đạp chân xuống đất để giữ nó. Ông cố chạy trốn nhưng không kịp.

Đến ngày đi chơi tại Tropical Land, Shinichi gặp 2 người đàn ông bí ẩn mặc toàn đồ đen. Sau khi phá vụ án mạng trên tàu lượn siêu tốc, cậu đuổi theo họ và bị trúng độc dược APTX-4869. May mắn thay cậu chỉ bị teo nhỏ như 1 học sinh lớp 1. Để lấy lại thân phận thật dưới vóc dáng Shinichi, cậu đến sống nhờ văn phòng thám tử của bố Ran để tìm ra tung tích bọn áo đen.